Katolicka Niepubliczna Ogólnokształcąca Szkoła Muzyczna I Stopnia (KNOSM I St.) oraz Katolicka Szkoła Podstawowa im. Ks. Franciszka Blachnickiego są kontynuatorkami wielowiekowej tradycji szkoły parafialnej utworzonej dwa lata po zwycięskiej bitwie pod Grunwaldem w 1412 r. Szkoła parafialna istniała przy tutejszej świątyni już w 1412 roku. Nowy kształt organizacyjny nadał jej kardynał Zbigniew Oleśnicki w 1448 r. Szkoła ta kształciła wyłącznie chłopców: w czytaniu, pisaniu, śpiewie, rachunkach, gramatyce łacińskiej i w poznawaniu zasad wiary. Uczniowie wraz z bakałarzem uświetniali msze i nabożeństwa w świątyni kolegiackiej pięknym śpiewem i recytacjami. Siedzibą Katolickiej Niepublicznej Ogólnokształcącej Szkoły Muzycznej I Stopnia jest budynek przy ul. Ducha Św. 4 oraz przylegający bezpośrednio do niego budynek parafialny ul. Ducha św. 2. Szkoła posiada 9 sal lekcyjnych, dwie pracownie komputerowe, bibliotekę z Centrum Informacji Multimedialnej, pracownię językową, świetlicę, jadalnię, medyczny gabinet profilaktyczny, pracownię logopedyczną. Sale dydaktyczne zostały wyposażone w nowoczesny sprzęt multimedialny: monitory i tablice interaktywne i wizualizery. Rok wcześniej bo od 1 września 2009 r. na wniosek organu prowadzącego zainaugurowała swoją działalność kształcąca w cyklu czteroletnim Katolicka Niepubliczna Szkoła Muzyczna I Stopnia. Dyrektorem tej szkoły została Pani mgr Renata Kurzeja była wicedyrektor Państwowej Szkoły Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Nowym Sączu. W 2015 r. zarząd KSO wygasił tą szkołę po jednym pełnym czteroletnim cyklu kształcenia. W 2009 r. zarząd KSO złożył do Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego wniosek o utworzenie Katolickiej Niepublicznej Ogólnokształcącej Szkoły Muzycznej I i II Stopnia. Zarząd Katolickiego Stowarzyszenia Oświatowego powołał na stanowisko dyrektora pomysłodawcę tej szkoły Pana mgr Zbigniewa Małka, dotychczasowego dyrektora Katolickiej Szkoły Podstawowej im. Ks. Franciszka Blachnickiego. Do nadzoru merytorycznego nad kształceniem muzycznym, na stanowisko wicedyrektora szkoły powołana została Pani mgr Renata Kurzeja. Dyrektor mgr Zbigniew Małek, przy dużym wsparciu rodziców dokonał remontu i adaptacji dwóch budynków znajdujących się w podwórzu szkoły, w których usytuowano między innymi sale do nauki gry na instrumentach dla w/w szkoły muzycznej. Dodatkowo, dzięki staraniom dyrektora Zbigniewa Małka oddano do użytku, tak długo oczekiwany przez uczniów plac zabaw wraz z boiskami do mini gier. Dzięki staraniom Pani wicedyrektor Renaty Kurzeja i życzliwości wielu osób udało się pozyskać cztery dodatkowe pianina niezbędne do wyposażenia tworzonych szkół muzycznych. Od 1 września 2010 r. za zgodą Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego zainaugurowała swoją działalność Katolicka Niepubliczna Ogólnokształcąca Szkoła Muzyczna I Stopnia - pierwsza tego typu placówka oświatowa na Sądecczyźnie. Od tej pory uczniowie szkoły podstawowej, już od klasy pierwszej, mogą w jednym miejscu w sposób zintegrowany jednocześnie zdobywać wiedzę ogólną i kształcić się w kierunku muzycznym. Pierwszy rok szkoły muzycznej zainaugurowało w klasie I i II 30 uczniów. W dniu 11.10.2010 r. w sali MCK „Sokół” podczas uroczystej inauguracji roku akademickiego 2010/2011 w PWSZ, dyrektor szkoły mgr Zbigniew Małek został odznaczony przez Panią minister Katarzynę Hall Medalem Komisji Edukacji Narodowej, a dwa lata później wyróżniony został Nagrodą Ministra Edukacji Narodowej. Od 1 września 2011 r. zainauguruje swoją działalność w budynku Zespołu Szkół Katolickich pl. Kolegiacki 2, Katolicka Ogólnokształcąca Szkoła Muzyczna II Stopnia. Szkoła ta gwarantuje kontynuację kształcenia muzycznego dla absolwentów Katolickiej Ogólnokształcącej Szkoły Muzycznej I Stopnia. Po rezygnacji w 2012 roku Pani mgr Renaty Kurzeja z funkcji wicedyrektora ds. kształcenia muzycznego, dyrektor Zbigniew Małek powołał na to stanowisko Panią mgr Marię Barteczko specjalistę w zakresie teorii muzyki i rytmiki, absolwentkę Akademii Muzycznej w Katowicach. W roku szkolnym 2014/2015 szkołę opuścili pierwsi absolwenci szkoły, z których część kontynuuje kształcenie muzyczne na poziomie II stopnia szkoły muzycznej. W roku szkolnym 2014/2015 utworzono orkiestrę szkolną dla której w roku szkolnym 2015/2016 przeprowadzono remont Sali koncertowej i wyposażono w profesjonalny sprzęt muzyczny, podświetlane pulpity, specjalne rozkładane krzesła, a  scenę sali koncertowej wyposażono w nowy fortepian firmy Bechstein. Orkiestrę szkolną prowadzi Pani mgr Anna Zielińska-Croom wraz z mężem, amerykańskim kompozytorem i dyrygentem dr Paulem Croom.